В немецкой истории Собора в течение первых этапов строительства существовала несколько небольших органов, и лишь в XVIII веке обрел свое место Большой орган в стиле барокко. После войны, с началом новой истории Собора, был установлен электронный орган, и только в 2008 году впервые прозвучал единый органный комплекс Кафедрального собора.

Его технические данные впечатляют: 6301 труба у Большого органа и 2224 трубы — у малого. Всего 122 регистра. Два органа соединены оптико-волоконной связью и оборудованы компьютерами. Органист может использовать возможности двух инструментов, музыканты могут видеть друг друга и даже «выйти на связь».

Строительство Большого органа шло в несколько этапов. Первый — заливка пола. Балкон нужно было подготовить под инструмент весом 35 тонн. После облицовки фасада началась установка и закрепление труб. Вместе с трубами будущий орган обретал и декор: деревянные резные элементы скульптуры, в числе которых - фигура Богоматери с младенцем и птица Феникс, ставшая символом возрождения Кафедрального собора.

Концертный зал  снабжен новейшей акустической системой.  Впервые  применено  творческое и инженерное решение, позволяющее звук любого инструмента либо голоса направить непосредственно на слушателя, адресно и с высоким коэффициентом разборчивости. 

  Подобная комплексная система не имеет аналогов ни в России, ни в странах Европы. Авторы проекта – композитор и продюсер Евгений Кобылянский и компания «Audio Solutions».  Одновременно с точной подачей звука в зале возможно осуществление многоканальной записи, которая позволяет передавать трансляции событий в высоком качестве, вести самостоятельную издательскую деятельность.